มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ เป็นมหาวิทยาลัยซึ่งมีชื่อเดิมว่า “มหาวิทยาลัยภาคใต้” ต่อมาในวันที่ ๒๒กันยายน พ.ศ. ๒๕๑๐ ได้รับพระมหากรุณาธิคุณ จากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว พระราชทานนามว่า “สงขลานครินทร์” ได้เริ่มเปิดรับสมัครนักศึกษาตั้งแต่ปี พ.ศ. ๒๕๑๐ เป็นต้นมา โดยมี ๒ วิทยาเขตคือ วิทยาเขตปัตตานี และวิทยาเขตหาดใหญ่ ซึ่งต่อมาก็มีการขยายวิทยาเขตไปยังภูเก็ต สุราษฎร์ธานี และตรัง รวมเป็น ๕ วิทยาเขต ตลอดระยะเวลาที่ผ่านมา มหาวิทยาลัย ได้รับพระมหากรุณาธิคุณ จากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว และพระราชวงศ์ทุกพระองค์ ในการเสด็จพระราชดำเนินมาพระราชทานปริญญาบัตร และปฏิบัติพระราชกรณียกิจต่างๆ เช่น สมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยานิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาส ราชนครินทร์ เสด็จมาเป็นพระอาจารย์พิเศษของมหาวิทยาลัยฯ และพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว สมเด็จพระนางเจ้าพระบรมราชินีนาถ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี ได้ทรงเสด็จพระราชดำเนินติดตามงานวิจัยโรงงานสกัดและแปรรูปน้ำมันปาล์ม และผลิตไบโอดีเซลขนาดเล็ก โปรดเกล้า ฯ ให้อธิการบดีมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ร่วมเป็นคณะกรรมการรางวัลเจ้าฟ้ามหิดล และในระยะต่อมาก็มีโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริต่าง ๆ ที่มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ มีส่วนร่วมดำเนินการอย่างต่อเนื่อง เช่น โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี (อพ.สธ.) โครงการต่าง ๆ ของมูลนิธิชัยพัฒนา ในภาคใต้ และโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ ทีได้รับการสนับสนุนจากสำนักงานคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอัน เนื่องมาจากพระราชดำริ (สน.กปร.) ดังนั้น ในปี พ.ศ. ๒๕๕๒ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ จึงได้จัดตั้งสำนักงานประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ ขึ้นโดยอยู่ภายใต้สังกัดสำนักวิจัยและพัฒนา มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์
เพื่อเป็นหน่วยงานที่ทำหน้าที่ประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ ของมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ อย่างมีประสิทธิภาพ