ในปี พ.ศ.๒๕๕๕ มีโครงการพัฒนาเกาะบูโหลนที่ได้รับงบประมาณสนับสนุนจากมูลนิธิชัยพัฒนา และมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ และได้รับการอนุญาตจากกรมอุทยานแห่งชาติสัตว์ป่า และพันธุ์พืช เข้าไปดำเนินการตามลำดับและแผนงานที่กำหนดไว้ แล้วเสร็จตามกำหนดแล้ว รวม ๑๑ โครงการ และมีอีก ๑๐ โครงการ ที่ขอเลื่อนและประสบปัญหา รวมทั้งเกิดความล่าช้าเนื่องจากถูกพายุพัดเสียหาย และติดช่วงฤดูมรสุมในช่วงเดือนพฤษภาคม ถึงเดือนกันยายน ๒๕๕๕ จึงไม่สามารถเดินทางเข้าไปดำเนินการได้ และต้องรอเข้าไปดำเนินการต่อในช่วงปลายปี ๒๕๕๕ ถึงต้นปี ๒๕๕๖ และมีหลายโครงการจะต้องดำเนินการตามแผนงานต่อในปี ๒๕๕๖ ด้วยงบประมาณที่เหลืออยู่ ซึ่งคณะทำงานฯ จะได้รวบรวมรายงานฉบับสมบูรณ์ของแต่ละโครงการเพื่อจัดส่งให้มูลนิธิชัยพัฒนา และมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ต่อไป

ต่อมาเมื่อวันที่ ๑๓ ตุลาคม ๒๕๕๕ รองศาสตราจารย์ ดร.พีระพงศ์ ทีฆสกุล รองอธิการบดีฝ่ายระบบวิจัยและบัณฑิตศึกษา ได้นำเสนอความก้าวหน้าโครงการพัฒนาเกาะบูโหลนในปี ๒๕๕๕ ต่อที่ประชุมกรรมการสภามหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ที่ประชุมได้มีมติให้ประเมินผลสัมฤทธิ์ของโครงการ หลังจากที่ดำเนินการแล้วเสร็จ ตามวิสัยทัศน์ที่กำหนดไว้ ด้วยตัวชี้วัดที่เหมาะสมด้วย ซึ่งคณะกรรมการอำนวยการพัฒนาเกาะบูโหลน จังหวัดสตูล มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ จะได้นำมาดำเนินการให้เป็นไปตามมติของกรรมการสภามหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ต่อไป

อนึ่งเมื่อวันที่ ๑๕ ตุลาคม ๒๕๕๕ คณะทำงานโครงการพัฒนาเกาะบูโหลน จังหวัดสตูล มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ได้พิจารณากลั่นกรองข้อเสนอโครงการที่จะดำเนินการต่อเนื่องในปี ๒๕๕๖ รวม ๑๑ โครงการ ด้วยวงเงินประมาณ ๑,๖๔๕,๔๓๐ บาท และนำส่งมูลนิธิชัยพัฒนา และกรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่าและพันธุ์พืชแล้ว ตามระเบียบปฏิบัติของกรมฯ แล้วเมื่อวันที่ ๑๕ พฤศจิกายน ๒๕๕๕