สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้พระราชทานพระราชดำริให้สำนักงานมูลนิธิชัยพัฒนาประสานงานกับหน่วยงานราชการที่เกี่ยวข้องในการดำเนินการศึกษา ทดลองการปลูกปาล์มน้ำมัน สบู่ดำ และพืชพลังงานทดแทนอื่นๆ เพื่อนำไปใช้แปรรูปเป็นพลังงานทดแทนในอนาคต โดยให้พิจารณาการจัดตั้งโรงงานผลิตน้ำมันปาล์มดิบ ดังเช่น ศูนย์ศึกษาการพัฒนาพิกุลทองฯ จังหวัดนราธิวาส หรืออ่าวลึก จังหวัดกระบี่ และให้พิจารณาจัดตั้งโรงงานผลิตน้ำมันไบโอดีเซลขนาดเล็กที่ใช้น้ำมันปาล์ม สบู่ดำ และ/หรือพืชพลังงานอื่นๆ ในการผลิต
ดังนั้น สำนักงานมูลนิธิชัยพัฒนา ได้ประสานกรมการทหารช่าง เพื่อดำเนินการเปิดพื้นที่ในบริเวณโครงการชัยพัฒนา - แม่ฟ้าหลวง อำเภอหัวหิน จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ จำนวนเนื้อที่ประมาณ 11 ไร่ ในช่วงปลายเดือนกุมภาพันธ์ 2549 เพื่อสร้างอาคารโรงงานสกัดน้ำมันพืชและผลิตน้ำมันไบโอดีเซล ซึ่งมีขนาดกำลังผลิตวันละประมาณ 400 ลิตร อาคารสำนักงาน โรงสูบและกรองน้ำ บ้านพักเจ้าหน้าที่ ห้องสุขา ป้อมยาม โรงรถ บ่อบำบัดน้ำเสีย และสถานีจ่ายน้ำมัน
มูลนิธิชัยพัฒนา มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ กรมการทหารช่าง
หลังจากที่สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี องค์ประธานกรรมการมูลนิธิชัยพัฒนา ได้เสด็จฯ ไปยังโรงงานฯ และทรงกดปุ่มเริ่มการทำงานเครื่องจักร เมื่อวันที่ 27 กรกฎาคม 2549 โรงงานสกัดน้ำมันพืช และผลิตไบโอดีเซลครบวงจร ได้เริ่มผลิตน้ำมันไบโอดีเซล ชนิด บี 100 โดยได้จำหน่ายให้กับโครงการปลูกป่าชัยพัฒนา - แม่ฟ้าหลวง เพื่อการทดสอบใช้กับยานพาหนะ และเครื่องจักรการเกษตร รวมทั้งนำมาใช้กับรถยนต์ในโครงการ และใช้ในเตาความร้อน
ในส่วนของการสกัดน้ำมันปาล์มในขั้นตอนของการทอดผลปาล์มที่สามารถทอดผลปาล์มได้เพียง 800 กิโลกรัม/วัน (1,140 กิโลกรัมปาล์มทะลาย/วัน) จากที่ประมาณการในขั้นตอนการออกแบบว่าจะสามารถทอดผลปาล์มร่วงได้ถึง 1,600 กิโลกรัม/วัน ในอีก 2 ปีข้างหน้า เมื่อผลผลิตปาล์มที่ปลูกในโครงการ 240 ไร่ ถ้าให้ผลผลิต 2,000 - 5,000 กิโลกรัม/ไร่/ปี แล้ว หากคิดเป็นผลผลิตต่อวันจะให้ผลผลิตประมาณ 1,300 - 3,200 กิโลกรัม/วัน ซึ่งการทอดด้วยกะทะเดิม 6 ใบคงไม่เพียงพอ การขยายต่อเติมอุปกรณ์การทอดจึงมีความจำเป็น เพื่อให้การแปรรูปผลปาล์มสอดคล้องกับผลผลิตที่จะป้อนเข้าสู่โรงงาน
ปริมาณน้ำมันปาล์มดิบที่สกัดได้ทั้งหมดมีจำนวน 14,568 กิโลกรัม คิดเป็นสัดส่วนน้ำมันเท่ากับร้อยละ 14 ของผลปาล์มรวมเข้า สาเหตุที่สัดส่วนน้ำมันที่ได้ต่ำ เนื่องจากผลปาล์มที่รับซื้อจากเกษตรกรส่วนใหญ่เป็นผลปาล์มจากต้นปาล์มที่มีอายุประมาณ 3 ปี น้ำหนักต่อทะลายประมาณ 2 - 5 กิโลกรัม/ทะลาย เท่านั้น
ในส่วนการผลิตเป็นไบโอดีเซล เนื่องจากปัญหาน้ำมันพืชใช้แล้วราคาสูงขึ้นและขาดตลาด จึงส่งผลให้เมื่อนำมาผลิตเป็นไบโอดีเซลแล้วราคาใกล้เคียงราคาน้ำมันดีเซลในท้องตลาด และถึงแม้ว่าน้ำมันปาล์มดิบในแปลงปลูกของโครงการเองและของเกษตรกรในพื้นที่จะมีผลปาล์มที่มากพอที่จะสามารถป้อนเข้าสู่โรงงานได้ แต่ราคาที่ปรับสูงขึ้นในปีนี้ ส่งผลให้การผลิตไบโอดีเซลจากน้ำมันปาล์มอย่างเดียวจึงยังไม่คุ้มทุน นอกจากนี้ ขั้นตอนการผลิตไบโอดีเซลจากน้ำมันปาล์มดิบจะมีการสูญเสียน้ำมันมากในขั้นตอนของการลดกรด โครงการฯ จึงได้พยายามปรับปรุงขั้นตอนการผลิตเพื่อลดการสูญเสียดังกล่าว โดยขณะนี้อยู่ในช่วงการจัดหาผู้ประกอบที่รับสร้างถังผลิตไบโอดีเซลแบบใหม่ให้