จากปัญหาการก่อความไม่สงบในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนใต้ที่สืบเนื่องมานานหลายปี และทวีความรุนแรงขึ้นเรื่อย ๆ จึงถึงปัจจุบัน ได้ส่งผลกระทบต่อวิถีชีวิตของประชาชนในส่วนของชีวิตความเป็นอยู่ ตลอดจนความสูญเสียอวัยวะส่วนต่าง ๆ ทำให้จำนวนผู้พิการใน 3 จังหวัดชายแดนใต้เพิ่มจำนวนขึ้น ขณะเดียวกันโรงพยาบาลในพื้นที่ที่สามารถให้บริการรักษา ดูแล และฟื้นฟูสมรรถภาพผู้ที่มีความพิการเหล่านั้นมีจำนวนน้อย กอปรกับความทันสมัยของเทคโนโลยีอุปกรณ์เครื่องช่วยความพิการยังไม่อยู่ในระดับมาตรฐานที่สามารถให้บริการได้อย่างครบวงจร
สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงทราบถึงปัญหา และทรงห่วงใยผู้พิการใน 3 จังหวัดชายแดนใต้ จึงมีพระราชดำริกับ นายแพทย์ชาตรี บานชื่น อธิบดีกรมการแพทย์ และ แพทย์หญิงภัทริยา จารุทัศน์ ผู้อำนวยการศูนย์สิรินธรเพื่อการฟื้นฟูสมรรถภาพทางการแพทย์แห่งชาติ ว่า “ทรงมีพระประสงค์ให้กรมการแพทย์ พัฒนาศูนย์กลางการพื้นฟูสมรรถภาพผู้พิการขึ้นในภาคใต้”
กรมการแพทย์ กระทรวงสาธารณสุข จึงได้น้อมนำพระราชดำริ ของสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี โดยให้ศูนย์สิรินธรเพื่อการฟื้นฟูสมรรถภาพทางการแพทย์แห่งชาติเป็นแม่ข่ายการพัฒนา และพัฒนาโรงพยาบาลสงขลานครินทร์ ให้เป็นศูนย์กลางการฟื้นฟูสมรรถภาพผู้พิการในภาคใต้ พร้อมทั้งพัฒนาโรงพยาบาลศูนย์ยะลา โรงพยาบาลปัตตานี โรงพยาบาลนราธิวาสราชนครินทร์ ให้เป็นเครือข่ายบริการด้านการฟื้นฟูสมรรถภาพผู้พิการใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ พัฒนาสถาบันประสาทวิทยา เป็นศูนย์พื้นฟูคนพิการระบบประสาทในส่วนกลาง และร่วมกันพัฒนาอุปกรณ์เครื่องช่วยความพิการประเภทต่าง ๆ กับ ศูนย์เทคโนโลยีอิเล็กทรอนิกส์และคอมพิวเตอร์แห่งชาติ (NECTEC)
เนื่องด้วย เป็นโครงการตามพระราชดำริ ของสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี ที่ทรงห่วงใยผู้พิการใน 3 จังหวัดชายแดนใต้ ที่เกิดจากสาเหตุความไม่สงบที่คาดว่าจะสืบเนื่องต่อไป จึงเป็นโครงการเร่งด่วนที่ต้องการแก้ไข แต่ด้วยวงเงินงบประมาณที่ต้องใช้ในระยะเวลาดำเนินงานปีงบประมาณ 2551- 2552 สูงถึง 300 ล้านบาท กอปรกับคำของบประมาณปี 2551 ได้ผ่านวาระแรกไปแล้ว จึงไม่สามารถหาแหล่งงบประมาณอื่นได้ และเห็นว่าโครงการนี้เป็นการบูรณาการร่วมกันระหว่าง 6 หน่วยงาน จึงได้เสนอขอใช้เงินกู้จากโครงการเงินกู้เพื่อปรับโครงสร้างทางเศรษฐกิจ (Structural Adjustment Loan – SAL )
โดยในส่วนโรงพยาบาลสงขลานครินทร์ ได้รับงบประมาณในวงเงินทั้งสิ้น 100.8 ล้านบาท จำแนกเป็นการจัดซื้อครุภัณฑ์การแพทย์ จำนวน 21 รายการ วงเงิน 86.6 ล้านบาท และงบพัฒนาบุคลากร วงเงิน 14.2 ล้านบาท ซึ่งดำเนินการในปีงบประมาณ 2551 -2552
ทั้งนี้ เมื่อวันที่ 15 กันยายน พ.ศ. 2551 และเมื่อวันที่ 11 สิงหาคม พ.ศ. 2552 กรมการแพทย์ กระทรวงสาธารณสุข ได้มีการประชุมนิเทศติดตามการดำเนินงานพัฒนาเครือข่ายการฟื้นฟูสมรรถภาพผู้พิการในจังหวัดชายแดนใต้ ณ โรงพยาบาลสงขลานครินทร์ คณะแพทยศาสตร์ โดยมีผู้มาตรวจเยี่ยม ประกอบด้วย รองอธิบดีกรมการแพทย์ และเจ้าหน้าที่กรมการแพทย์ กระทรวงสาธารณสุข ผู้อำนวยการศูนย์สิรินธรเพื่อการฟื้นฟูสมรรถภาพทางการแพทย์แห่งชาติ และรองผู้อำนวยการศูนย์ ฯ โรงพยาบาลเครือข่ายการรับส่งต่อใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ รวมประมาณ 20 คน เพื่อรับทราบความพร้อมในการเปิดโครงการ ปัญหาและอุปสรรคการดำเนินงาน ด้านบุคลากร ครุภัณฑ์ และสถานที่ พร้อมได้ตรวจเยี่ยมสถานที่ส่วนบริการผู้ป่วยด้านฟื้นฟูสมรรถภาพผู้พิการ ฯ ของโรงพยาบาลสงขลานครินทร์