สืบเนื่องจาก สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้เสด็จพระราชดำเนินมาติดตามการดำเนินงานของมูลนิธิชัยพัฒนา และทรงเยี่ยมราษฎร ที่เกาะหลีเป๊ะ ระหว่างวันที่ 2 – 4 มีนาคม 2550 และทรงพบว่า ที่เกาะแห่งนี้มีปัญหาเรื่องการจัดการขยะ จึงมีพระราชกระแสรับสั่ง ให้มูลนิธิชัยพัฒนา และหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง หาแนวทางแก้ปัญหา ซึ่งต่อมา หน่วยงานต่าง ๆ ทั้งในพื้นที่ และองค์กรต่าง ๆ ได้ลงพื้นที่ เพื่อดำเนินการหาแนวทางแก้ปัญหา แต่ยังไม่บรรลุผลสำเร็จ เนื่องจากพบปัญหาอุปสรรคหลายประการ ดังนั้นเพื่อให้การแก้ไขปัญหาดังกล่าว เกิดผลเป็นรูปธรรม มูลนิธิชัยพัฒนาจึงได้กำหนดจัดกิจกรรมดังกล่าวขึ้น โดยเชิญตัวแทนของหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง ทั้งในระดับพื้นที่ และองค์กรต่าง ๆเช่น สถาบันการบรรจุภัณฑ์และรีไซเคิลเพื่อสิ่งแวดล้อม มูลนิธิการจัดการทรัพยากรธรรมชาติอย่างยั่งยืน หรือ 3 R รวมทั้งผู้ประกอบการในพื้นที่ ร่วมกันระดมความคิดเห็น หาแนวทางปฏิบัติในการจัดการขยะ ให้เกิดประโยชน์สูงสุด กับทั้งในพื้นที่ และปัญหาเชิงมลพิษสิ่งแวดล้อม

เมื่อระหว่างวันที่ 23 – 24 มกราคม 2557 ดร.สุเมธ ตันติเวชกุล เลขาธิการมูลนิธิชัยพัฒนาและประธานที่ปรึกษามูลนิธิการจัดการทรัพยากรอย่างยั่งยืน หรือมูลนิธิ 3 R เป็นประธานการประชุมและเสวนาโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริของสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ในการจัดการขยะเกาะหลีเป๊ะ

การดำเนินงานได้จัดทำแผนงาน กิจกรรม และจัดสรรงบประมาณ เอกสารเผยแพร่ประชาสัมพันธ์โครงการ และติดตามผลการดำเนินงาน ซึ่งโครงการได้ดำเนินการแล้วเสร็จในปีพ.ศ ๒๕๖๒ ผลการดำเนินงาน ชุมชนได้มีการคัดแยกขยะต่าง ๆ เพื่อนำไปใช้ประโยชน์ต่อ เช่น ขยะอินทรีย์นำไปทำก๊าชชีวภาพ ขวดพลาสติก ขวดแก้ว เป็นขยะที่สามารถนำกลับมาใช้ใหม่ และผลิตใหม่ (Reused and Recycle) ส่วนถุงพลาสติกและขยะอื่น ๆ ได้ทำการขนกลับมาฝังกลบที่บ่อขยะอำเภอละงู จังหวัดสตูล