เป็นโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช ในหลวงรัชกาลที่ 9 (พระราชอิสริยยศขณะนั้น) ซึ่งได้ทรงมีพระราชดำริเมื่อวันที่ 23 กันยายน 2530 ณ พระตำหนักทักษิณราชนิเวศน์ จังหวัดนราธิวาส ทั้งนี้เนื่องจากสมาชิกสหกรณ์นิคมในจังหวัดกระบี่ โดยเฉพาะที่อำเภออ่าวลึก ราษฎรส่วนใหญ่มีอาชีพทำสวนปาล์มน้ำมัน และต้องซื้อข้าวสารจากแหล่งอื่นมาบริโภค ให้เกษตรกรบางกลุ่มที่อยู่ในพื้นที่ราบและเคยทำนามาก่อน แต่ได้เลิกร้างไป เนื่องจากฝนทิ้งช่วง ให้มาทำนาปลูกข้าวไว้บริโภคไม่ต้องซื้อมาจากที่อื่น ซึ่งพระองค์ได้รับสั่งว่าเป็น ทฤษฎี "เศรษฐศาสตร์เพื่อการพึ่งพาตนเอง"

จากพระราชดำริดังกล่าว มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ได้ประสานงานกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง ประกอบด้วย กรมชลประทาน กรมวิชาการเกษตร กรมส่งเสริมสหกรณ์ และกรมส่งเสริมการเกษตร กรมประมง กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ กรมการปกครอง และกรมพัฒนาชุมชน กระทรวงมหาดไทย ให้จัดทำแผนงานร่วมกัน และขออนุมัติงบประมาณจาก สำนักงาน กปร. มาดำเนินการ โดยเริ่มจากกรมชลประทาน ได้ทำการสำรวจและออกแบบระบบชลประทานประกอบด้วย อ่างเก็บน้ำขนาด 3.2 ล้าน ลบ.เมตร ที่บ้านปากหยา หมู่ 3 ตำบลปลายพระยา อำเภอปลายพระยา จังหวัดกระบี่ วงเงิน 26.8 ล้านบาท และระบบส่งน้ำสู่พื้นที่ทำนาของกลุ่มเป้าหมาย ใช้งบประมาณรวม 44.91 ล้านบาท แล้วเสร็จสมบูรณ์ในปี 2542 นอกจากนี้ยังได้ของบประมาณเพื่อจ่ายเป็นค่าอาสินและค่าชดเชยที่ดินทำกินที่ถูกน้ำท่วมจากการสร้างอ่างเก็บน้ำ และคลองส่งน้ำอีก 14.94 ล้านบาท รวมงบประมาณทั้งสิ้น 86.65 ล้านบาท กรมวิชาการเกษตร ได้ทดลองวิจัยหาพันธุ์ข้าวที่เหมาะสมทั้งข้าวนาปี และข้าวไร่ กรมส่งเสริมการเกษตร ได้จัดนิทรรศการการทำนา และการปลูกพืชหลังฤดูกาลเก็บเกี่ยว ส่งเสริมการใช้ปุ๋ยชีวภาพ กรมส่งเสริมสหกรณ์ จัดหารถไถเดินตาม และรถแทรคเตอร์ กรมพัฒนาชุมชนและกรมประมง ร่วมส่งเสริมการสร้างรายได้ โดยได้มอบพันธุ์ไม้ผล และพันธุ์ปลากินพืชให้กับเกษตรกร

มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ได้ส่งนักวิจัยลงพื้นที่สำรวจข้อมูลด้านเศรษฐกิจและสังคมของเกษตรกรในพื้นที่สหกรณ์นิคมอ่าวลึก พื้นที่ตำบลปลายพระยา และพื้นที่ตำบลปากน้ำ รวม 355 ครัวเรือน ในเดือนมิถุนายน 2531 พบว่าเกษตรกรที่เคยมีอาชีพทำนาเหลืออยู่เพียง 50 ครัวเรือน ต่อมามหาวิทยาลัยฯ ได้ประสานกับคุณฮึ้ง เฉี่ยวเต็ก ผู้มีจิตศรัทธา ได้บริจาคเงินซื้อหม้อแปลงไฟฟ้า และเครื่องสีข้าวขนาดกำลังผลิตวันละ 3 เกวียน หรือ 3,000 กิโลกรัม (ข้าวเปลือก) ซึ่งที่ตั้งโรงสีข้าวนั้น นางเฟือง บางโศก เป็นผู้บริจาคที่ดินจำนวน 1 ไร่ ที่บ้านปากน้ำให้กับโครงการฯ กองเกษตรวิศวกรรม กรมวิชาการเกษตร เป็นผู้จัดสร้างอาคารโรงสีข้าว และยุ้งเก็บข้าวขนาด 100 ตัน โดยมีสหกรณ์นิคมปากน้ำ จำกัด เป็นผู้บริหารจัดการโรงสีข้าวแห่งนี้ ต่อมาในปีพ.ศ. 2553 สำนักงานประสานงานฯ ได้ประสานกับคุณฉลอง เตชะภัทรกุล บริษัทฉลองน้ำยางข้น จำกัด ได้ทูลเกล้าถวาย ฯ เงินจำนวน 280,000 บาท เพื่อซื้อเครื่องสีข้าวเครื่องใหม่มาทดแทนเครื่องสีข้าวเครื่องเดิมที่หมดอายุการใช้งาน

เมื่อวันที่ 6 กุมภาพันธ์ 2546 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี (พระราชอิสริยยศขณะนั้น) ได้เสด็จพระราชดำเนินไปทรงเยี่ยมราษฎร และทอดพระเนตรผลการดำเนินงานของโครงการปลูกข้าวเพื่อบริโภค ณ พื้นที่โครงการ อำเภอปลายพระยา จังหวัดกระบี่ เป็นครั้งแรก และต่อมาในวันที่ 17 กรกฎาคม 2557 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี (พระราชอิสริยยศขณะนั้น) ได้เสด็จพระราชดำเนินไปทรงเยี่ยมราษฎรเป็นครั้งที่สอง และทรงปลูกข้าว โดยวิธีการโยนกล้าข้าว ณ แปลงนาเกษตรกรบ้านปากน้ำ อำเภอปลายพระยา จังหวัดกระบี่ ซึ่งมีการปลูกข้าวอยู่ประมาณ 111 ไร่ จากเดิมที่เคยปลูกถึง 880 ไร่ และคาดว่าในอนาคตจะมีแนวโน้มการปลูกข้าวกันมากขึ้น เนื่องจากปริมาณข้าวที่ปลูกได้ไม่เพียงพอต่อการบริโภค และสำนักงานประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ได้นำ รศ.ดร.วรากร ลิ่มบุตร นักวิจัยจากคณะวิทยาศาสตร์ มาสอนวิธีการใช้ปุ๋ยสังกะสีเพื่อเพิ่มผลผลิต อีกทั้ง เกษตรกรชาวนาได้ว่าจ้างรถเกี่ยวนวดมาทำงานแทนการเก็บเกี่ยวแบบเดิม ทำให้ลดเวลา และค่าใช้จ่ายลงได้เป็นอันมาก

สำนักงานประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ ได้ส่งเจ้าหน้าที่ทำการติดตาม ตรวจเยี่ยม เก็บข้อมูล และจัดทำรายงานประจำปี เพื่อเสนอต่อ สำนักงาน กปร. เป็นประจำทุกปี จนถึงปัจจุบัน