โครงการพัฒนาและฟื้นฟูป่าชายเลนในเขตพื้นที่เป้าหมายของจ.สงขลาและจ.ปัตตานี เป็นโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริเป็นส่วนหนึ่งภายใต้โครงการปลูกป่าพระราชทานของมูลนิธิชัยพัฒนา โดยมีคณะกรรมการโครงการพัฒนาและฟื้นฟูป่าชายเลนในเขตพื้นที่เป้าหมายของจ.สงขลาและจ.ปัตตานี ซึ่งมีอธิการบดีมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ เป็นกรรมการ และสถาบันทรัพยากรชายฝั่ง มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ เป็นหน่วยงานแกนกลางด้านวิชาการ มีลักษณะเป็นแบบจำลองที่เน้นการมีส่วนร่วมของประชาชน โดยมีพื้นที่เป้าหมายอยู่ 3 แห่ง คือ ตำบลหัวเขา อำเภอสิงหนคร จังหวัดสงขลา อำเภอหนองจิก และอำเภอยะหริ่ง จังหวัดปัตตานี โดยเริ่มดำเนินการตั้งแต่ปี พ.ศ. 2537 และเมื่อวันที่ 25 สิงหาคม 2540 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี ได้เสด็จพระราชดำเนินมาทรงปลูกป่าชายเลนที่ตำบลหัวเขา อำเภอสิงหนคร จังหวัดสงขลา ต่อจากนั้นชุมชนหัวเขาก็ทำการปลูกป่าชายเลนรวม 4 ครั้ง โดยมีพื้นที่เป้าหมาย 243 ไร่ ส่วนที่อำเภอหนองจิก จังหวัดปัตตานี มีพื้นที่เป้าหมายรวม 213 ไร่ ส่วนที่อำเภอยะหริ่ง มีโครงการจัดทำศูนย์ศึกษาธรรมชาติป่าชายเลนควบคู่ไปกับการปลูกป่าด้วย โดยได้รับทุนสนับสนุนจากสำนักงานคณะกรรมการพิเศษ เพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ (สน.กปร.)